Fue uno de los siete hijos de Manuel Namuncurá, célebre líder del pueblo mapuche, y de la chilena Rosario Burgos.​ Ceferino era nieto del caudillo mapuche Calfucurá.

En 1887, al año de edad, se salvó de perecer ahogado en el Río Negro, mientras jugaba en sus orillas. Ese mismo año, el 24 de diciembre, en vísperas de Navidad, fue bautizado por el misionero salesiano padre Domingo Milanesio, un importante cristianizador de los pueblos originarios.

A los 11 años le pidió a este salesiano que lo llevara a estudiar para luego regresar y así poder enseñar a los de su pueblo. El 8 de septiembre de 1898 recibió la primera comunión y, el 5 de noviembre de 1899, el sacramento de la confirmación de manos de monseñor Gregorio Romero en la Iglesia Parroquial de San Carlos, donde luego se construyera la actual Basílica María Auxiliadora y San Carlos.

A principios de 1902, su salud se deterioró y se determinó que había contraído tuberculosis. Decidieron trasladarlo a Viedma, con la esperanza de que los aires nativos ayudaran a recuperar su salud. A comienzos de 1903, en el colegio San Francisco de Sales de Viedma, comenzó su estudio secundario como aspirante salesiano. El 19 de julio de 1904, con 17 años, Ceferino fue trasladado a Turín (Italia).

A principios de 1902, su salud se deterioró y se determinó que había contraído tuberculosis.

Los salesianos pensaron que en ese lugar recuperaría la salud y podría continuar sus estudios de sacerdocio.

El 27 de septiembre de 1904, visitó al papa Pío X, y allí le encomendaron la tarea de pronunciar un breve discurso y obsequió al pontífice un quillango mapuche. A su vez, Pío X le obsequió la medalla destinada a los príncipes.

En marzo de 1905, la tuberculosis volvió a afectar su salud. Fue internado en el Hospital de los Hermanos de San Juan de Dios, donde fue atendido por el médico personal del Papa.

El 11 de mayo, a los 18 años, Ceferino Namuncurá murió. La devoción popular a Ceferino Namuncurá se fue difundiendo desde mediados del siglo XX por toda la Argentina. Es así que, a fines de los 1960s, ya era muy común encontrar “estampitas” dedicadas a san Ceferino.

El 11 de noviembre de 2007, el enviado papal, el cardenal Tarcisio Bertone, lo proclamó beato, ante más de 100.000 personas en una ceremonia de beatificación en Chimpay, Río Negro, ciudad natal del joven salesiano.

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