El Calafate fue fundado oficialmente el 7 de diciembre de 1927 por el gobierno argentino con el fin de consolidar el poblamiento de la región.

Antes de la llegada del "hombre blanco", el área de El Calafate ya recibía por parte de los aonikenk el nombre Kehek Aike o (mejor pronunciado: Kegesh Aike), significando la primera palabra -kehek- "dejar", "depositar" y la segunda palabra -aike- "paradero humano", es decir: Paradero que es depósito de artefactos y bienes humanos.

Como localidad permanente El Calafate surge en las primeras décadas del siglo XX. En su origen, no era más que un punto de aprovisionamiento de los transportes de lana, realizados en catango (carreta), desde las estancias de la región lo que explica el nombre originario de Kehek Aike.

Sin embargo, sería la Administración de Parques Nacionales la responsable de consolidar la localidad. En 1943 comienzan las obras de construcción de la intendencia del parque nacional Los Glaciares (terminadas en 1946). En ese entonces la localidad contaba apenas con unos cien habitantes permanentes. Durante muchos años, Parques Nacionales fue la institución más importante de la localidad, trayendo la electricidad, inaugurando el primer cine, abriendo caminos, construyendo puentes, gestionando la primera hostería del pueblo, entre otras infraestructuras.

Hoy, la ciudad es la más concurridas en materia turismo de la provincia, enfatizando la majestuosa visita al glaciar y dando un punto fuerte en la Fiesta Nacional del Lago, con la visita de artistas de todo el continente